A ARLS Eliphas Levi foi fundada em 22 de novembro de 1999 pelos membros da ARLS Gênesis. Inicialmente constituída como uma Fraternidade Acadêmica (chamava-se ARLS Fraternidade Acadêmica Gênesis) teve por objetivo inicial dar oportunidade a jovens universitários a ingressarem na Maçonaria. Foi ao longo do tempo tornando-se uma Loja de Estudos voltada a Filosofia Rosacruz, ao Ocultismo Tradicional e ao Esoterismo. Deixou de ser uma Fraternidade Acadêmica justamente para dar a oportunidade de ingresso aos interessados em nossos estudos, ainda que não fossem apenas jovens universitários. Adotou o nome atual oficialmente no segundo semestre de 2007 quando recebeu a nova Carta Constitutiva do Grande Oriente do Brasil.